Helena, gravement bléssée par balle par sa soeur Sarah, erre toujours comme une malheureuse à l'hôpital où elle va être soignée.
Plus tard, les détectives Angela Deangelis (Angie) et Art Bell alertés qu'une cinquième "clone" a été reconnue se rendent à son chevet afin d'obtenir des explications mais il est trop tard... Un certain Mark de la confrérie du Nouvel Ordre est passé avant et a emmené Helena avec lui.
Il l'amène à la ferme des Prolethean, où elle va pouvoir guérir et récupérer. D'autre part, ils lui annoncent qu'elle est dotée du "situs inversus" ce qui signifie que tous ses organes sont inversés par rapport à la position normale chez les autres humains, ce qui lui a surement permit de survivre à la balle qui aurait touché son cœur sans cette particularité génétique rare.
Helena comprend que c'est une faculté génétique et non une tare... contrairement à ce que lui disait toujours Tomas... : tu es un monstre.
A la ferme, Helena est nourrie mais elle prend également des sédatifs, à son insu, pour la rendre plus docile. Après que les médicaments prennent effet, Henrik Johansson, le père fondateur de cette secte, effectue une cérémonie de mariage au bras d'Helena et l'épouse face à toute la communauté. Il la porte alors dans le couloir dans une chambre mystérieuse juste après la cérémonie et s'enferme avec elle.
Gracie Johanssen, la fille d'Henrik, a du mal à accepter Helena comme un nouveau membre de la famille et du clan Prolethean et tente de l'étouffer avec un oreiller. Helena feint sa mort mais se rebiffe contre Gracie et l'étouffe à son tour, sans la tuer... Elle s'échappe à travers le couloir mais toujours dans un état drogué, elle entre alors dans une chambre qui ressemble à un laboratoire.
Elle se souvient alors que lorsque Henrik l'a porta dans cette salle, il a mis ses pieds dans les étriers et qu'elle a subi une intervention clinique. Helena est récupérée et réinstallée dans une chambre gardée...
Entre temps, Helena commence à s'acclimater aux lieux... elle visite une sorte de maternelle ou école primaire... où de jeunes enfants sont éduqués à la façon de la secte par des adultes pronant les valeurs d'Henrik. Elle y découvre une petite fille qui aime ses cheveux et lui fait de beaux sourires... Ells se tirent la langue mutuellement... mais une femme intervient et lève la main sur la petite.... Helena voit rouge et se jette sur cette femme en la menaçant... elle n'a plus intérêt à lever la main sur un quelconque enfant où Helena la tuera !!! Gracie assiste à la scène et semble appréciée qu'Helena prenne la défense de ces enfants.
Puis, elles occupent la même chambre et subissent le même sort... Elles ont toutes les deux été fécondées par Henrik !!! Helena ne comprend pas alors Gracie lui explique ce que son père a fait... Helena veut alors s'enfuir à tout prix... et conserver ses futurs "bébés" !
Gracie l'aide à s'enfuir... et Helena met le feu au laboratoire.
En s'échappant, elle croise Art, près de leur complexe fermier... qui venait enquêter en ayant remonté toute une piste... Elle le laisse sur place et continue son chemin, laissant celui-ci perplexe. Mais du coup, personne n'ose poursuivre Helena avec Art qui s'interfère en plein milieu !!!
Helena finit par retrouver la trace de Sarah dans l'appartement de Rachel alors qu'elle était sur le point d'être torturée par Daniel Rosen. Elle le tue et se rapproche de Sarah qui est terrifiée parce qu'elle a tiré sur Helena et qu'elle était persuadée qu'elle était morte !! Elle a donc très peur qu'Helena vienne se venger... !!
Sarah exprime ses remords et Helena vient se coller à elle de tout son corps et enroule ses bras autour d'elle car elle éprouve la nécessité d'un certain réconfort après tout ce qu'elle a elle-même vécue.
SAISON 3